Así lo ha explicado Matt Cutts en uno de sus vídeos. Ante la pregunta de, ¿si utilizamos una URL que incluye muchas subcarpetas afectaría al posicionamiento de dicha página?, la respuesta que nos da es, no.
Eso sí, a la hora de decirlo, lo hace con la boca pequeña; según nos comenta, el número de subcarpetas es uno de los factores que Google tiene en cuenta a la hora de posicionar una página pero que no le da mucha importancia, por lo que no deberíamos de preocuparnos.
En el vídeo se hace referencia a que, por temas de usabilidad, es mucho mejor disponer de una estructura de URL con menos número de subdirectorios que una más extensa.
Esto es algo lógico ya que es preferible disponer de una página de este tipo
http://ejemplo.com/informacion
que no una más larga cuyas carpetas interiores no aporten ningún valor
http://ejemplo.com/bla/bla/informacion